Cette étude a pour objectif de dénombrer les microorganismes fermentaires et de faire la caractérisation phénotypique des souches de Bacillus isolées des ferments de manioc provenant de cinq sites (Abidjan Yopougon Nouveau Goudron, Abidjan Yopougon Kouté, Bonoua, Abengourou, Bouaké). La numération des levures, moisissures, bactéries lactiques et bactéries du genre Bacillus a été effectuée dans les différents échantillons de ferment selon les méthodes conventionnelles de microbiologie. Trois paramètres (concentration en NaCl, température et pH) ont été utilisés pour la caractérisation des souches de Bacillus. Selon les zones de prélèvement, les charges des microorganismes ont variées entre 5,7 ± 0,89 log10 ufc/g et 8,27 ± 0,39 log10 ufc/g pour Bacillus ; 5,68 ± 0,73 log10 ufc/g et 8,91 ± 0,56 log10 ufc/g pour les bactéries lactiques ; 3,91 ± 0,82 log10 ufc/g et 6,23 ± 0,31 log10 ufc/g pour les levures ; 2 log10 ufc/g et 4,19 ± 0,74 log10 ufc/g pour les moisissures. Une croissance optimale des souches de Bacillus a été observée à un pH alcalin égal à 9 et à une concentration de NaCl de 2 %. La majorité des souches ont été psychrotolérantes.