L’objectif de la recherche est d’étudier la variation de la teneur en résidus de pesticides dans l’eau et les tilapias (Tilapia guineensis) du fleuve Couffo dans le bassin cotonnier de la commune de Djidja (Bénin). Des échantillons d’eau (09) et de tilapias (09) ont été prélevés le long du fleuve Couffo et analysés par chromatographie en phase gazeuse après extraction et purification. Les données sont soumises à l’analyse de la variance (ANOVA) à deux facteurs pour apprécier les différences entre les facteurs (p(T > t) = 10 %). Le Glyphosate est décelé entre 0,192 µg / L et 0,221 µg / L dans l’eau et entre 0,123 µg / kg et 0,191 µg / kg dans les tilapias. Le Profénofos est détecté entre 0,093 µg / L et 0,105 µg / L dans l’eau et entre 0,095 µg / kg et 0,128 µg / kg dans les tilapias. La teneur en Acétamipride dosée varie entre 0,043 µg / L et 0,082 µg / L dans l’eau et entre 0,112 µg / kg et 0,125 µg / kg dans les tilapias. Celle de la Cyperméthrine trouvée varie entre 0,095 µg / L et 0,113 µg / L dans l’eau et entre 0,127 µg / kg et 0,139 µg / kg dans les tilapias. Une différence significative existe entre les teneurs en résidus de pesticides détectées dans l’eau et celles dosées dans les tilapias. Toutefois, il est nécessaire de prévoir un programme de surveillance des pesticides dans le fleuve Couffo.