L’étude sur les caractéristiques physico-chimiques de l’eau et de la granulométrie du substrat des palourdes du genre Egeria dans la partie basse du fleuve Sanaga a été menée entre mars 2018 et avril 2019. L’objectif de cette étude est de fournir des informations sur les caractéristiques de l’habitat de ces palourdes en vue de faciliter leur transplantation, préservation et valorisation. A cet effet, un total de treize échantillonnages mensuels a été effectué dans chacun des trois sites (Bolounga-Moulongo, Mpombo-Boloy et Maldjedou Bonapembè). Des échantillons d’eau et de substrat ont été collectés sur quatre saisons dans le fleuve Sanaga au niveau de ces sites, pour être examinés in situ et en laboratoire suivant des méthodes d’analyse appropriées. Les résultats montrent en fonction des sites et des saisons, une variation des principales caractéristiques physiques : TDS (19,0 ± 3,5 ppm), température (29,6 ± 1,7°C), conductivité (35,0 ± 6,8 µs/cm) ; et chimiques (cm) : phosphate (2,3 ± 1,9), nitrate (13,6 ± 5,6), ammonium (15,3 ± 5,1), sodium (1,0 ± 0,4), calcium (2,8 ± 2,2), magnésium (1,1 ± 1,0). Le sable (89,5 ± 12,7 %) a prédominé dans chaque site sur l’argile (6,9 ± 7,0 %) et le limon (3,6 ± 6,2 %). L’analyse multifactorielle révèle que Bolounga-Moulongo et Mpombo-Boloy ont des caractéristiques de l’habitat proches mais différentes de Maldjedou-Bonapembè. Ces résultats sont importants pour une transplantation des palourdes dans d’autres zones estuariennes présentant des caractéristiques similaires de l’habitat.