La présente étude évalue la possibilité de réaliser un cyclage azoté de nouveaux systèmes aquaponiques avec les poissons comme source d’ammoniaque suivant un empoissonnement progressif. L’expérimentation a porté sur 960 juvéniles de Clarias gariepinus (8,87 ± 1,64 g) associés à la culture d’amarante (Amarathus viridis) selon le dispositif complètement randomisé. Les poissons répartis préalablement en 8 lots de 120 individus ont été ensemencés dans les unités aquaponiques en différentes fréquences d’empoissonnement avec un écart de 7 jours entre empoissonnement générant 4 traitements : T120 (une fréquence), T60 (deux fréquences), T40 (trois fréquences) et T30 (quatre fréquences). Chaque traitement a été répété deux fois. Les résultats obtenus ont montré que la teneur en NH4+/NH3 et NO2- de l’eau a évolué dans le temps suivant la fréquence d’empoissonnement. Leur proportion élevée (˃1 mg/l) avec un pH et une température élevés ont entraîné la mortalité totale des poissons des T120 et T60. L’évaluation de la croissance a révélé un effondrement de poids durant les premières semaines. A la fin de l’essai, le gain de poids (0,24 et 0,23 g/jour) et le taux de croissance spécifique (1,73 et 1,70 %/jour) respectivement pour les T40 et T30 n’ont pas été significatifs (p ˃ 0,05). Le facteur de condition K le plus élevé (0,43) illustre les mauvaises conditions dans lesquelles les poissons ont vécu. Ces résultats montrent que même chargés progressivement, les poissons ne sont pas une meilleure source d’ammoniaque pour un cyclage de l’azote des nouveaux bassins aquaponiques dans les conditions spécifiques de la République Démocratique du Congo.