Dans un contexte de crises climatiques et du souci de diversification agricole, l’exploitation des bas-fonds intéresse plus d’un depuis quelques années au Bénin, notamment dans le département des Collines. La présente recherche vise à étudier les risques environnementaux et sanitaires liés aux pratiques agricoles dans les bas fonds à Savè et à Ouèssè. L’approche méthodologique adoptée se résume à la collecte des données, leur traitement et à l’analyse des résultats. Les principales techniques de collecte des données utilisées sont la recherche documentaire et les enquêtes de terrain qui ont été menées auprès de 225 exploitants de bas-fonds répartis dans les deux communes. Les données sur les rendements agricoles, les superficies aménagées ont fait l’objet de traitement grâce aux méthodes de statistique descriptive. L’analyse factorielle des correspondances simples a permis de décrire la spécificité des bas-fonds dans le secteur d’étude. L’analyse des résultats révèle que la superficie totale des bas fonds dans le secteur d’étude est estimée à 879 ha dont 457 ha à Savè et 422 ha à Ouèssè. En effet, deux catégories de cultures sont développées dans ces bas-fonds, à savoir, les cultures vivrières et le maraîchage. 93 % des autochtones (nagots - tchabè) et mahi sont dans la production des cultures céréalières et 7 % des exploitants sont dans le maraichage. Le gain moyen issu de la production d’un hectare de maïs dans les bas-fonds est estimé à 158 400 FCFA, 357 000 F CFA pour le manioc, 284 600 F CFA pour l’igname, 179 000 F CFA pour le riz, 191 600 F CFA pour l’arachide et 183 600 F CFA pour le soja. Mais, malgré ces avantages économiques, l’exploitation des bas-fonds rencontre des contraintes d’ordre environnemental dans le secteur d’étude auxquelles des suggestions ont été proposées pour une exploitation durable des bas-fonds dans les communes de Savè et de Ouèssè.