Dans un contexte où l’utilisation des pesticides en agriculture suscite de nombreuses préoccupations sanitaires et environnementales, cette étude évalue les pratiques phytosanitaires dans la culture du coton conventionnel et Bt à Fada N’Gourma, au Burkina Faso. Une enquête de terrain a été menée auprès des producteurs, combinant observations directes et entretiens semi-structurés. Des tests expérimentaux ont comparé les taux de levée des plants entre des parcelles témoins et celles appliquant les recommandations techniques. Les résultats révèlent un non-respect fréquent des bonnes pratiques agricoles, notamment en matière de dosage des pesticides, de respect des calendriers de traitement et d’usage des équipements de protection, augmentant ainsi les risques sanitaires et environnementaux. L’analyse expérimentale montre un taux de réussite moyen supérieur sur les parcelles testées (91,5 %) par rapport aux parcelles témoins (62,15 %), confirmant l’effet bénéfique d’une application rigoureuse des recommandations techniques. Le taux d'analphabétisme est de 69,6 % chez les producteurs conventionnels et de 26,1 % chez les producteurs OGM. Cette disparité constitue un facteur déterminant dans l’adoption des bonnes pratiques agricoles, influençant la compréhension et la mise en œuvre des recommandations techniques. L’étude souligne ainsi la nécessité de formations adaptées pour surmonter l’analphabétisme des producteurs, principal frein à l’adoption des bonnes pratiques. Un suivi rigoureux et la promotion de techniques agricoles durables sont essentiels pour améliorer la productivité du coton tout en limitant les impacts négatifs des pesticides.