Cette étude a pour objectif d’évaluer la qualité bactériologique des eaux souterraines de la localité de Lagon (province du Mayo Kebbi Ouest-Tchad). Pour atteindre cet objectif, seize ouvrages de captages (5 forages et 11 puits à ciel ouvert) ont été échantillonnés en Avril 2023. Les paramètres physiques des eaux (pH, TDS, CE) ont été mesurés in situ à l’aide d’un multi-paramètre de terrain. Pour les analyses bactériologiques, quatre germes fécaux (coliformes totaux (CT), flore aérobie totale (FAT), coliformes fécaux (CF), streptocoques fécaux (SF)) ont été analysés au Laboratoire National des Eaux de N’Djamena au Tchad par la méthode de filtration sur membrane. Les résultats montrent que les eaux sont acides (pH : 6,70 - 7,34) et faiblement minéralisées (CE : 175,10 - 717,01 µS/cm ; TDS : 73.00 - 371.00 mg/l). Tous les échantillons présentent une contamination par les coliformes totaux (150 - 770 UFC/100ml), la flore aérobie totale (370 - 1540 UFC/100ml), les streptocoques fécaux identifiés à travers Escherichia coli (0 -230UFC/100ml), les coliformes fécaux (0 - 70 UFC/100ml). Les germes fécaux sont exclusivement dans les eaux de puits, confirmant une contamination d’origine fécale. La prédominance par des coliformes fécaux suggère une origine animale de la pollution. Globalement, les eaux de puits sont plus vulnérables à la contamination fécale que celles des forages, soulignant la nécessité d’améliorer les conditions d’assainissement en zone agropastorale.